Lorsque plusieurs corps sont trouvés et que tout les indices pointes vers les membres de notre équipe, TWM doit prouver son innocence tout en essayant de lutter contre une crise Alien. Car des dizaines d'extraterrestres apparaissent par la faille de Cardiff et ce sont toutes les instances de la police qui sont mit en alerte. En voulant les accueillir, on découvre qu'ils sont porteur d'un virus mortel qui atteint Aliens et Humains. Le temps presse car d'autres Aliens arrivent et de plus en plus de personnes tombent malade. TWM va faire le choix de protéger les Aliens et les humains du gouvernement et de TW3 toujours manipulé par TW Londres. Leur enquête les mènera à affronter Torchwood 3 et à voyager de Cardiff à Londres pour essayer de trouver la solution à ce problème.